Pour capter l'évolution des variants du Covid-19 et prendre les bonnes décisions, le gouvernement a besoin de données au plus proche de la réalité. Pour cela, le Laboratoire national de Santé veut passer de 380 à 1.200 séquençages de tests positifs par semaine.

Un outil permet de mieux suivre la diffusion des variants, de mesurer les effets de la vaccination et de repérer rapidement les variants qui pourraient encore apparaître: c'est le séquençage du Covid-19. L'opération est cruciale pour contrôler la pandémie. Elle consiste à dresser un portrait détaillé du virus, via son génome, après l'avoir dépisté chez une personne infectée.

Un exercice dans lequel le Luxembourg s'en sort plutôt très bien en comparaison à ses voisins européens. Sa capacité de couverture "est parmi les plus élevées d'Europe", assurait il y a peu le Dr Tamir Abdelrahman, chef du département microbiologie du Laboratoire national de Santé (LNS). C'est "le" laboratoire national de référence pour les infections respiratoires aiguës pour les sept ans à venir.

Et il a déjà fait un sacré bond en avant ces dernières semaines en matière de séquençage. Mi-janvier, le laboratoire installé avec pignon sur la collectrice du Sud à Dudelange avait séquencé tout près de 4.000 échantillons au total depuis le début de la pandémie.

Ces dernières semaines son très sollicité département de microbiologie a séquencé en moyenne 382 échantillons par semaine. Avec l'objectif de passer rapidement à 600 échantillons par semaine. Puis "à 800 dans le mois à venir", assure Frédérique Theisen, chargée de communication au LNS. L'objectif dont le terme n'est pas fixé, étant de parvenir à séquencer "1.200 échantillons positifs par semaine pour avoir une représentativité complète d'une semaine d'infection" au Luxembourg.

PLUS GRANDE COUVERTURE DE LA POPULATION

Représentativité des résultats qui faisait encore défaut il y a peu. Selon les données les plus récentes fournies par le ministère de la Santé et prenant en compte la semaine du 15 au 21 février, le variant britannique représentait 52% des cas au Luxembourg, le variant sud-africain 22,7% des cas et le séquençage n'avait détecté aucun nouveau cas du variant brésilien.

L'ennui est que ces résultats n'étaient pas représentatifs car la couverture du séquençage de la population était seulement de 6,57%. Ce chiffre est inférieur au taux optimal de 10% recommandé par le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) pour disposer d’un échantillonnage représentatif.

30 POSTES À POURVOIR

Pour que le séquençage fonctionne, il faut des tests positifs valables (avec suffisamment de composants du virus), des réagents (les matières nécessaires pour procéder aux analyses) et des ressources humaines pour effectuer tout le travail manuel puis d'analyse des données.

C'est là que ça pêche un peu au LNS. "L'approvisionnement en réagents est parfois difficile car, comme le séquençage est à la mode, il y a des ruptures de stocks", confie Frédérique Theisen. Si le LNS est passé d'un seul technicien de labo dédié au séquençage fin 2020, il compte désormais 5 collaborateurs et un bioinformaticien.

Mais c'est encore loin d'être suffisant pour atteindre l'objectif des 1.200 séquençages par semaine. Raison pour laquelle le département de microbiologie cherche un bioinformaticien. Ce type de "spécialiste ne court pas les rues au Luxembourg", sait bien la chargée de communication du LNS.

Sur son site internet, le LNS propose actuellement 30 postes de laborantins, techniciens de laboratoires, pharmacien biologiste, etc.